Google y sus algoritmos son muy caprichosos y son ajustados unas quilientas y pico de veces al año, o sea mas de una vez al día por año. En el post SEO – Compartir experiencias y trucos puedes repasar unas cuantas indicaciones que se dan. Y no todo esta basado en las meta descripciones.
Y por lo que comentas, la web trataba de otro tema anteriormente, y si has cambiado las URLs, ese si es un problema. Deberias rastrear todas las urls cambiadas y dirigirte al enlace de tu cuenta de Google en Cómo eliminar información de Google y una a una eliminar las urls que ya no estan en la web.
También tienes la posibilidad de utilizar extensiones joomla SEO – Metadata del JED, pero yo llevaria mucho cuidado, ya que un mal uso de una de esas extensiones te puede perjudicar mas que beneficiar.