El problema de chronocomments es que carga mucho código en la página y tal vez por eso se pone en conflicto con algo de la plantilla.
Personalmente me dio problemas también con otra plantilla propia y tuve que poner otro sistema de comentarios.
Por otro lado, desconozco si tiene arreglo. He jugado un poco con su configuración pero sin resultados.
Tal vez debas buscarte otro componente como Joomla Comments que es muy personalizable: http://www.compojoom.com.