Por fin lo he resuelto.
Lo pongo en el foro por si alguien usa el componente Flipping Book y le ocurre algo similar:
En los propiedades del libro, en la pestaña de parámetros, no puede ir Frame Color field sin nigun valor. Eso es lo que provoca el error
Poniendo cualquier valor, por ejemplo FFFFFF, se soluciona.
Cosas inexplicables de Internet explorer y Js. Y yo pensando que el problema era del Flash