Primero felicitarte por atreverte a diseñar tu propia plantilla, seguro que en el camino tus conocimientos han crecido y eso es muy bueno para ti y para la comunidad que puede contar con otra fuente de conocimiento, ademas te digo que lo has hecho realemente bien.
Cosas que tienes que revisar:
Normas y validacion W3C.
http://validator.w3.org/check?uri=http%3A%2F%2Fwww.transporteprofesional.es&charset=%28detect+automatically%29&doctype=Inline&group=0
Aqui tienes un post con algunos consejos –> Post Validacion W3C
SEO: Seguramente estes utilizando la extension sh404sef por lo que veo en las urls amigables un index.php intercalado en las direcciones. Leete el enlace a Sh404sef que te acabo de pasar y veras como quitar ese index.php intercalado junto a otras cosas.