He eliminado el index.php que me aparecía en todas las url´s de forma manual.
Primero he renombrado el archivo htaccess.txt a .htacces, despues he seleccionado la dos opciones: Usar Apache mod_rewrite y Agregar el sufijo a las URLs
En el documento .htaccess he iniciado con # la ultimas líneas.
En algún hosting que tengo no he podido hacer esto (ni tampoco instalar sh404sef) por que no permiten la opción rewrite, por ejemplo en 1&1, si falla algo no olvidar esta posibilidad que a mi me ha vuelto loco.