Es cierto que IE, en cualquiera de sus versiones, siempre resultará más limitado frente a aplicaciones externas, es lo que tiene ir en contra de la corriente del código abierto y la estandarización – peor para Microsoft… Pero eso mejor dejarlo para otro post ;).
Respecto al tema del mootools, funcionan bien con joomla 1.5 en adelante (aunque los upgrades no acaban de cuajar cuando hay otros plugins de por medio). Muchas veces he obtenido ese error pero siempre se debía a una modificación mia. Por ejemplo, debes comprobar los ajustes de la propia plantilla (en las plantillas JA tienes un cpanel o puedes usar el css, xml o el index); esto es, asegúrate de que no vienes de ajustes de otra plantilla (y si es así, asegúrate que valen para la actual), que los menús están correctamente asignados (puedes haber cambiado el nombre de los menús y como la plantilla asigna automáticamente estos nombres a los que da joomla por defecto… pues eso, te saltan errores de que no encuentra lo que debería estar ahí :D), etc, etc.
Parece mentira pero siempre son los errores más tontos los que nos traen más de cabeza y los tenemos tan cerca que no los vemos :S…
Pienso como thearcher y aunque hayan pasado varios meses, ésto puede valerle a alguien en el futuro.
Saludos y suerte
PD: Enhorabuena, gran foro!!