a mi me paso lo mismo y la verdad que fue complicado para mi solucionarlo, porque se incrustan en los scripts y es dificil saber cual es el que esta generando problema, mi servidor de hosting me digo que lo mejor seria borrar todo y volver a instalar de nuevo todo, total que eso hicimos y adqurimos un componente de joomla para poder proteger mi sitio, y hasta ahora todo marcha bien, lo que recomendaria esque borraras todo y volver a crear tu sitio, porque sera dificil saber que script es el que contiene vulnerabilidades