Lo que esta claro es que migrar con la ayuda de una extension de un tercero, puede traer problemas que daran la cara, una vez intentemos exprimir nuestro joomla. Siempre puede haber fallos que en un principio no van a tener importancia alguna.
Para mi lo mejor es montar un joomla nuevo con extensiones nuevas e ir pasando los datos de las tablas del joomla anterior al nuevo joomla.
Todavia no me explico como no hay un migrador incorporado al menos para el core de joomla. Aunque eso creo que ya lo han solucionado con la 2.5 a 3.0 ¿O no?