Hola…mmm que mal… tendrás que descargar todo el sitio via ftp a tu pc…luego pasarle un antivirus, seguramente te saltaran algunos archivos infectados, los tendrás que reemplazar por los de el pack de joomla original que instalaste.
luego chequear el codigo de tu template, Chimino es muy posible que tengas infectado el template que tienes corriendo.
Luego hay que ver que shell ejecutaron en tu servidor y eliminar archivos que sean sospechosos.
Luego tendrás que revisar la base de datos por phpmyadmin y verificar que este todo bien.
Una vez que ya tengas todo listo sube nuevamente tu sitio y tendrás que corregir los permisos a las carpetas y archivos..
cualquier cosa estamos aqui para ayudarte en lo posible…pero también deberás contactar a tu proveedor de hosting como dice Chimino para que te informe si tienen corriendo antivirus o firewall en tu hosting.
saludos!