Por si te sirve de ayuda. Antes siempre utilizaba el JCE pero desde joomla 2.5 me ha dado mas de un dolor de muelas, con cosas parecidas a lo que comentas y volviendo a subir los archivos que indicaba el archivo de errores a veces se me solventaba.
Luego, por una casualidad, leyendo un tutorial de solojoomla lei que el editor TinyMCE de joomla! tenia una opción desde Extensiones / Gestor de Plugins / filtrando con tipo Editors y editando el plugin Editor – TinyMCE en opciones basicas como Funcionnalidad, seleccionando la opción Extendida y haciendo clic en Guardar, te mostraba TODAS las opciones del editor y son muchas, tantas o mas que el JCE, asi que desisti del uso del editor JCE. Los Problemas han desaparecido.
Ya es cuestion de gustos una vez probada esa opción que te comento.
Saludos