No afectara. Puedes hacer que la tarea se automatize desde tu panel de contronl desde el apartado Cron Jobs . Para los CPanel Accedes al cron jobs y añades una tarea con una linea de commando como esta:
rm -rf /home/TU USUARIO/public_html/TUDOMINIO.com/administrator/cache/* y le asignas el tiempo en el que se vaya a ejecutar
Y si lo quieres hacer en la cache del dominio:
rm -rf /home/TU USUARIO/public_html/TUDOMINIO.com/cache/* ahi tambien le asignas el tiempo en el que se vaya a ejecutar
¿Viste la resolucion que se te ofrecia para el numero de producto que solicitaste hace un tiempo?
Ahi tienes una posible solucion por si no lo habias visto –> http://solojoomla.com/anadir-nuevos-campos-en-productos-virtuemart.html
Saludos