Un Quickstart ya incluye la plantilla. Es el pack Joomla 3.x con la plantilla, modulos, componentes… instalados y ya configurados.
Luego hay componentes como Jomsocial, que incluyen otra plantilla que se puede personalizar desde la configuración y que es INDEPENDIENTE de las plantillas joomla.
Ten en cuenta que un componente esta creado con campos y datos que se han de presentar en la web, y algunos, NO utilizan la plantilla joomla asignada por defecto a joomla.
Lo veras cuando instales jomsocial.