Yo por azar, tengo contratado hostmonster. No tengo ni idea si se puede apuntar el dominio a un directorio o carpeta.
En un principio pense poner los archvos en la raiz, pero es un caos de archivos, asi que lo puse en un directorio, como desconocia que diferencia habia, y si habia algun motivo para poner de una forma u otra, como veo que la diferencia es solo estetica, lo he solucionado poniendo una pagina html en la raiz, a modo de presentacion con enlaces a los distintos sitios del cms.