Si, la capa FTP se desactiva de la Configuración Global.
Los permisos, solo a las carpetas y luego si todo anda bien, a todos los archivos ponle 755 (por seguridad extra nomás).
Eso si, ten cuidado porque algunas extensiones (módulos, componentes) necesitan permisos de escritura en algunas carpetas, sobre todo aquellos que manejan imágenes (eso te lo dirá la administración de la extensión).
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