mmmmmmmm creo que cuando eso pasa, lo mas conveniente es instalar un backup del sitio que hayamos hecho anterior mente, si no lo hiciste antes de actualizar el JomSocial, pues creo que la cosa esta grave. En ese punto en el que estas, para mi, en mi opinion es complicado ayudarte. Al menos dinos como actualizaste el JomSocial, que pasos seguiste y asi tener una idea de como posiblemente ayudarte.
Acostúmbrate hacer un backup una vez por semana, no te va a llevar mucho tiempo, es mas, cuando salgas de parranda (fiesta) jajjajjjaja 😀 dejas descargando los archivos de tu sitio a tu pc, y cuando regreses lo guardas con un nombre identificable como fecha en el que hiciste el backup, igual con la base de dato que es mas importante aun.
Es mas para ir mas seguro, aunque es mas tedioso aun, utiliza un backup donde ya tu pagina web ya este construida totalmente con todo lo que haz querido para ella, y utiliza ese Backup para hacer pruebas de actualización o incluso de nuevas extensiones.
Exitos!!