Hola:
Yo lo hago de la siguiente manera:
En primer lugar utilizo el editor predeterminado de joomla, no JCE como tu.(aunque no deberia incidir)
Vas a la configuracion global del sitio y en ” Editor WYSIWYG predeterminado:” selecciona “editor-no editor”.
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Luego vuelve al articulo e insertas el iframe. Mas, puedes insertarlo dentro de una tabla centrada para mas prolijidad.
Espero te sirva.
Saludos
Max