La pregunta principalmente te la hacia, porque como estas usando YooTools (los modulos plugins ext) crei que usabas las plantillas YooTheme Templates. En ese caso ve el codigo fuente de alguna de las demos (el index o lo que haga falta) e inspeccionalo o incluso copia y pega lo que veas que necesita tu template para que funcione lo que quieres.
Disculpa que no te de una orientación mas tecnica. Pero en mi proyecto utilizo una plantilla de YooTheme las cuales ya estan configuradas para que todo funcione con los YooTools.
Exitos!!!! 😉