A ver si logro ayudarte, puesto que no se mucho del tema. Hace unos dias tuve un problema sobre los permisos en este post: http://www.solojoomla.com/foro-24.html pasate por hay seguramente aprendas algo.
Yo utilizo filezilla tambien. Hay directorios (carpetas) especificas que se le debe dar permisos 777 que son las mismas que te aparecen en la parte administrativa del joomla. Pero es solo a las carpetas NO A LOS ARCHIVOS NI A LAS SUB CARPETAS. Y solo se les da ese permiso cuando no te deja instalar algun componente o hacer algo, pero una ves que termines, debes darle permisos 755.
Espero este en lo cierto, disculpa pero poco se del tema.