Yo hice este plugin para subir archivos al servidor igual te conviene, creas un articulo explicando que aqui se ha de subir el documento bajo el texto escribes {upload} y tienes un formulario para subir archivos… http://www.joomlanetprojects.com/index.php/es/joomla-projects-descargas/joomla-1/joomla-1/20-plgfileupload1-4-5.html
Una vez el usuario suba el archivo se creará un subdirectorio con su nombre de usuario en el directorio files y seras avisado por mail de la llegada del archivo.
Pruebalo.