Hola jose0550 como estas…podrias indicarnos la direcion de el sitio web que esta infectado?? para podamos orientrte mejor …
Lo que tienes que hacer como primera medida es descargar todo el sitio web a tu disco atraves de FTP (pero no borrar nada en el servidor)
luego en una pc que estes seguro de que no tiene virus hacer correr el antivirus en el sitio que bajaste por FTP…seguramente alli te saltaran los archivos que estan infectados y debereas ir anotando la ruta de esos archivos para luego subir los archivos de un joomla limpio y sobre escribirlos…
luego ver como fue que te infectaron o si alguien inyecto algun codigo malicioso en tu sitio o lo que comunmente pasa es que desde una pc con windows y que esta con virus estos se pueden llegar a subirlos junto con tu sitio sin saberlo…
por eso es bueno saber bien si tu pc no esta infectada..
saludos!