Hola. Feliz Navidad !!!
Antes de ponerte a trabajar. Has verificado que ese popup funcione en todos los navegadores?. Ten presente que muchos bloquean esos elementos y de ser así trabajaras en vano.
Si deseas continuar puedes hacerlo con javascript o con html. Supongo deberias colocar el codigo en el index.php aunque ello deberias consultarlo con algun avanzado. Yo haria pruevas en local o sino haria antes un respaldo.
Aqui tienes un ejemplo: http://www.forosdelweb.com/f18/hacer-pop-up-con-php-480214/
Saludos
Max