A ver, si estamos hablando de pasar un joomla a otro o el mismo joomla a un servidor o url diferente no tienes ningun problema, por la sencilla razon que joomla por defecto NO conserva la raiz de las urls. Es decir que solo se queda con la parte de la url que direcciona.
Ejemplo: http://www.midominio.com/migato.html , joomla solo deja grabado en la base de datos migato.html, con lo que si cambias tu joomla a una carpeta del mismo dominio, cambias de servidor o cualquier otro movimiento, no tienes problema alguno.
Si es que te refieres a eso.