Si y la razon es bien sencilla, siempre que estes trabajando con joomla 1.5, y es que si tu usuario lo controla tu apache, cuando subas la pantilla con el instalador joomla, deberas cambiar permisos de escritura en archivos que quieras editar para personalizarlo, si lo subes con tu cliente FTP, con tu session de usuario abierta, el mismo es quien controla los permisos, con lo que no tendras problemas para editar cualquier archivo que subas.
Si trabajas con joomla 1.6 descomprime y vuelve a comprimir en ZIP y problema resuelto.