Ciao Felipe
Hasta Joomla 2.5,`para programar para sitios móviles primero hay que distinguir para que sitios moviles queremos programar la web, osea tablet (ancho de 1024 pixels), smartphone (de 320 a 800 px, browser y SO evolucionado) o pda (menos de 240 pixel, browser y SO muy limitados) con interpretaciones distintas de los codigos de las tablas, css, js y flash en función de cada browser y modelo de terminal.
El código y el diseño del template pueden presentar diferencias para las tres divisiones citadas, si os fijais mobile joomla ofrece cuatro templates distintos para la misma web movil.
Por otro lado con Joomla 3.0 han salido los templates responsive que se apoyan en el bootstrap, no he estudiado aún el sistema y parece que soluciona el problema para los dos primeras categorias de móviles citadas, pero aún no he comprobado si funciona en los pdas y en según que sistema operativo de smartphone.