Seguramente no lo hayas perdido ni borrado. No todos los clientes FTP permiten visualizar los archivos de este tipo. Sucede que cuando renombras el archivo htaccess.txt a .htaccess, si el cliente ftp utilizado no permite visualizarlo puedes llegar a pensar que lo has perdido. Filezilla si permite visualizar un .htaccess . Instalalo y comprueba que no lo has borrado.