Cuando me pasan cosas asi, reinicio el servidor por shell o desde mi panel de control. Yo trabajo con un servidor dedicado con Cpanel y recuerdo hace ya un tiempo que me paso si no algo identico, si parecido. Me recomendaron hace tiempo que reiniciara el servidor de vez en cuando, no recuerso porque pero desde que lo hago una vez cada 20/30 dias no tengo problemas.