Hola, tuve un problema similar pero con el TinyMCE, hice unos ajustes en el plugin del editor para que limpiara el codigo al cerrar y desaparecieron los problemas. Mira a ver la configuracion del plugin jce. El ultimo creo que era la version 1.5.7 del plugin. Lo que no pude resolver fue la edicion desde el front end que me seguia dando problemas y solo puedo editar bien desde el admin.