Mira, este tipo de problema es frecuente en plantillas de terceros que se “retocan” , cuando se empieza a poner y quitar posiciones y demas. Es algo complicado resolver.
Lee lo que publico el admin de esta web > Mi web no se bien en Internet Explorer al final hay un plugin que quizas te ayude a solventar parte del problema, pero te recomiendo la lectura.