Hola, veras, Joomla no es un codigo simple desarrollado con Dreamweaver ni nada por el estilo. Joomla es un CMS, o sea, un Gestor de contenidos con su MVC ( Modelo Vista Controlador ) que conforma el Framework Joomla!. Debes cambiar el chip desde ya, y empezar a pensar en Joomla! como uns solución global desde donde todo esta entrelazado.
Video ¿Que es Joomla!?
http://solojoomla.com/lorenzo/videos/1-que-es-joomla.html
Da pasos cortos y seguros, luego todo saldra solo.