He estado leyendo y se recomienda cambiar los archivos index.html de las extensiones. Los archivos index.html se emplean para que cuando alguien quiera indagar dentro de una carpeta de Joomla, por ejemplo http://www.DOMINIO.com/components y averiguar que componentes tienen instalados, aprezca una pagina en blanco en vez de un listado de carpetas con el nombre de los componentes instalados o bien si utilizan una carpeta para descargas, tipo http://www.DOMINIO.com/descargas que no quede a la vista de todos los archivos y que la gente se vuelva “loca” descargando tus archivos.
Luego parece ser que muchos que han sufrido este ataque en forma de inyección de codigo, estan alojadas en 1&1