Ciao
Migrar un sitio con errores no me parece una solución acertada, yo primero buscaría donde está los errores y los corregiría y lugo migraría el sitio
Sobre los links: si las páginas conservan las mismas urls no los vas a perder, si alguna cambia puedes solucionarlo haciendo un redirect 301, algunos componentes para urls sef lo hacen y tambien puedes recurrir al archivo .htaccess.