Seguramente estes utilizando la extension sh404sef en alguna version beta. Prueba primero con editar tu .htaccess y en la siguiente cadena de texto –> Options +FollowSymLinks y añadele una armuadilla al principio, asi #Options +FollowSymLinks , el problema deberia quedar resuelto . Si persiste el problema, desde las opciones avanzadas puedes activar la opcion para que salga intercalado index.php dentro de las URL´s veras como en ese caso si funcionara, pero las urls quedarian, como decirlo, mal.
Te invito a precindir de extensiones para las urls amigables para utilizar el seo por defecto de joomla y te centres en las meta tags, titulos, contenido original, densidad de palabras.
Si aun persistes en querer utilizar extensiones para el caso, prueba Artio Joomsef en su version Gratuita, el manejo y aspecto es practicamente el mismo. Descargate la versio 2.x o 3.x