Me he instalado la ultima version con datos de ejemplo y me hace exactamente lo que a ti en refencia a los precios. Bien, seguramente cuando instalaste el virtuemart, instalaste tambien los datos de ejemplo, con lo que los articulos se configuraron con los ajustes predeterminados por el grupo de desarrolladores de virtuemart. De ahi a que los precios no se ajusten a lo que marcas y son mostrados con una cantidad mas baja. He quitado todas las opciones de cupones, descuento y demas y ahora se ve bien, o sea si marco 236€ me marca eso, o en los atributos si añado color Rojo +10 , cuando antes me marcaba +9,01 ahora me marca +10 mas el 16% de iva como yo quiero que se vea. Para quitar esas opciones ve al menu de la izquierda, ahi estan todas esas opciones.
Ejemplo:
Añadiendo atributo color Rojo y Verde + 10€
El precio que se muestra de los atributos antes de quitar las opciones de cupones y demas
Precio correcto una vez quitadas las opciones de descuento y demas 
Ahora el tema de los atributos
Tienes dos maneras de añadir atributos y opciones de precio segun modelo y las 2 pueden estar al mismo tiempo mostrandose
Primera:
Cuando accedes al admin y añades un producto, en la pestaña Estado abajo del todo tienes la primera y mas rapida opcion. Cuando añades un Atributo, le das un nombre, por ejemplo Color y luego debes añadir una propiedad o mas (cuantas quieras) a ese atributo, como se puede ver en la imagen de arriba. Digamos que atributo es el nombre y propiedad las opciones de ese atributo. Puedes añadir mas de un atributo con sus opciones, o sea, propiedades. El resultado una vez hacemos clic en Aplicar si queremos seguir en esa pantalla y ver los resultados o Guardar si queremos cerrar esa ventana.
Segunda:
La segunda opcion esta en el menu lateral una vez ya tienes el producto definido. Como muestro en la imagen siguiente, se trata de añadir otro producto dentro del mismo producto. Como puedes ver estoy dentro de la configuracion de un producto cualquiera y debes hacer clic en [b]Añadir Artculo..
[/b] 
Una vez hacemos clic en Añadir articulos, fijate que vas añadir un nuevo producto si pero en relacion al prodcuto padre, por llamarlo de alguna manera. Puedes ver donde señalo como las pestañas son diferentes a las que se muestran cuando insertas un producto nuevo. 
Una vez añadido se te mostrara abajo de la pantalla (en la pestaña Estado) cuando edites el producto relacionado, asi:
Y en la visualizacion del producto padre el añadido o atributo se te mostrara debajo del producto como una opcion al producto padre. la diferencia esta en que es tratado como un producto a parte aunque el resultado que se busca es el mismo.
Fijate que en la imagen en puesto cualquier cosa, ya que solo era para mostrartelo.
Resumiendo, todo esto se aprende leyendo la documentacion. En Joomla no hay trucos ni nada por el estilo. Todo esta escrito. Asi aprendo cada dia e intento que los demas tambien adopten esa postura.
Los resultados de una web joomla con la informacion leida de Joomla y extensiones, siempre sera mucho mas efectivo y ganaran tiempo.
Añadido:
Enlace Hack para atributos virtuemart > http://solojoomla.com/foro-joomla/20-joomla-en-general/18122-virtuemart-y-los-atributos?limitstart
