Yo lo hubiera hecho distindo desde el principio sin toquetear archivos de joomla.
Pasos:
1- Intalar joomla en una carpeta dentro del directorio publico y no directamente en el directorio publico (public_html, www, htdocs o el que sea)
2- Esa intro que tu dices la pondria dentro del directorio publico en el archivo index.html
3- ese archivo index.html tendria la redireccion en el archivo swf que es la animacion.
Espero te sirva
Saludos
Max