Cuando he necesitado incluir php he utilizado JUMI > http://solojoomla.com/jumi-para-joomla-1.5.html pero eso hace ya bastante tiempo. Es mejor seguir el MVC de Joomla con sus API´s.
http://www.matware.com.ar/joomla/como-crear-componentes-mvc-para-joomla-1-5.html