Google ya reconoce las urls no amigables. Se tienes urls no amigables y google las rastrea, cuando las pongas amigables, deberian redireccionar a las amigables directamente, sin presentar errores 404 y debes SI o SI crear un sitemap con esas direcciones y cada vez que lo actualizes que sea SIN Urls amigables. De hecho es recomendable hacerlo asi ¿Porque? Supongamos que una vez terminada la web y rastreada por google, eliges una extension x para producir tus urls amigables, lo cual no recomiendo, mejor es la opcion directa desde la configuracion global de Joomla, simplemente porque no te crea una tabla con esas direcciones, la cual puede llegar a ser de mucho peso para tu BD si utilizas una extension. Por ejemplo aqui es de mas de 400 megas, solo esa tabla, con eso te haces una idea. Volviendo al tema si eliges una extension y vez que no te convence como posicionas por x motivos y quieres cambiar, es seguro que la otra extension redireccionara o creara las urls de forma diferente, con lo que, si o si se presentaran errores 404. Y si por el historial de tu sitemap sigues con urls no amigables, el cambio sera mas efectivo para Google.
No tengo prueba alguna de lo que estoy diciendo, simplemente porque no lo he probado, pero por logica deberia de ser asi.