Es extraño, si. ¿En que web de alojamientos lo tienes? Has observado si desde filezilla si te muestra transferencias fallidas(Esta en la parte inferior, al lado de archivos en cola. A veces puede ocurrir que el hosting tenga micro cortes e impida la subida de algunos archivos.
Si no hay nada, prueba crear un archivo configuration.php vacio y lo subes a la raiz de tu joomla. Luego regresa al proceso de instalación de Joomla (http://TUDOMINIO/installation/index.php o http://www.TUDOMINIO/installation/index.php). A continuación, tienes que insertar (o reinsertar) los detalles segun el proceso de instalación te los vaya pidiendo.
A ver que tal.