Los archivos que se quedan en la carpeta /tmp abreviatura de temporal son los que vas instalando que previamente se suben a esa carpeta para ser descomprimidos e instalados. Hay componentes como jomsocial que utilizaban esa carpeta para las actualizaciones directas con versiones para Joomla 1.5, dejando un archivo llamado jomsocialupdate.ini , lo que ahora no sucede con joomla 1.7. Quiero decir con esto que primero por seguridad, deberias borrar los archivos que vas instalando y que se van generando en esa carpeta segun realizes instalaciones de extensiones, pero con cuidado por si alguno deja intencionadamente un archivo para actualizaciones.
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