Hola, pues hay opciones:
Poner en las opciones cuando entras a editar un menú desde el admin verás un tab: “Opciones de visionado en la página” en la opción “Clase CSS de la página” puedes poner un nombre de clase css para que ese menú cargue los estilos con ese CSS.
(Joomla 2.5) Puedes crear variantes de tu plantilla, modificarla y asignarla al menú especifico, cuando editas el menu desde el admin OPCIONES DE MENU y en la opción ESTILOS DE LA PLANTILLA seleccionarias la plantilla para este menú.
Saludos.