QUEEE!! noo puedes hacer esooo! puedes instalar cuantos joomla’s quieras en tu dominio, pero NO PUEDES HACERLO EN LA MISMA BASE DE DATOS! por que los archivos se SUSTITUYEN y al final NINGUNO de los 2 joomla’s va a funcionar!
te recomiendo algo, CREA UNA NUEVA BASE DE DATOS! si usas el cpanel es facil, y es rapido
REINSTALA tu joomla para hacer pruebas!
respondiendo a tu pregunta, si realizas un cambio DESPUES DE INSTALAR DE NUEVO UNO DE LOS ” JOOMLA’s EN UNA NUEVA BASE DE DATOS en el otro joomla no se va a notar y viceversa
si sigues usando los 2 joomla’s en la misma base dañaras ambos joomla’s