Hola compañero pues si se puede hacer …
es buena idea que el usuario pueda elegir la plantilla, pero por otro lado, recuerda que las posiciones cambian por plantilla … asi que tendras que tener sincronizadas tus posiciones para que funcionen como quieres a la hora de cambiar de plantilla.
Ya lo e dicho y si se puede hacer.
aqui un enlace al directorio
http://extensions.joomla.org/extensions/2401/details
http://extensions.joomla.org/extensions/style-a-design/templating/5751
tienes que tener instaladas y habilitadas el modulo y el plugin para que funcione bien.
Saludos!!