Entiendo que la paginacion es cuando se trata de articulos en formato blog u otros, pero los modulos lo unico que presentan son pedazos de contenidos y para paginar eso, la verdad no tengo ni idea y dudo que sea razonable. ¿Porque no pruebas mostrar la pagina de inicio con formato blog sobre seccion, teniendo una seccion principal y unica y que las categorias sean para utilizarlas como formato blog sobre categorias y luego desde los items de menu crear enlaces directos a cada categoria en formato blog sobre categorias? Entonces SI te tomaria la paginacion. Con K2, una categoria principal y subcategorias, y luego lo mismo para los items de menu, teniendo la ventaja de poder elegir varias categorias para el mismo item de menu trabajando con k2.
Luego hechale un vistazo a este plugin http://extensions.joomla.org/extensions/core-enhancements/embed-a-include/8741, quizas te ayude.