¿Donde tienes el menú en la web? No lo veo. Por otra parte el intercalado index.php en las direcciones es por una extension para el SEO mal configurada, seguramente sh404SEF.
Para que puedas seleccionar Jomsocial como pagina de inicio tienes que ir a Menus / Menu principal desde tu administrador joomla, buscas Jomsocial, lo seleccionas y haces clic en predeterinada.
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