Al final este es el código que funciona, por si os pueda interesar:
$db =& JFactory::getDBO();
$query = 'SELECT pueblo, COUNT(*) as totalpueblo FROM #__prueba GROUP BY pueblo ';
$db->setQuery($query);
$nombres = $db->loadObjectList();
foreach($nombres as $nombre) {
echo '
' . $nombre->pueblo . ' (' . $nombre->totalpueblo . ')
';
}
Saludos.