Mi consejo es que primero te hagas con una version joomla limpia, abras esa y la supuestamente afectada, una al lado de la otra, y compares y mires si hay archivos que no deberian estar y mas preciso sera comparar el peso de dos archivos iguales, teniendo como referencia la copia buena. Si ves uno con un peso superior, es casi garantizado que tenga malware, código en base64 y demas.
Esta forma de detección te llevara menos tiempo. Y para extensiones de terceros, idem de lo mismo. Te haces con una copia limpia y realizas el mismo proceso.
Saludos