Hola:
Yo probaria primero si el respaldo que tienes no esta corrupto, es decir si funciona normal. Eso puedes hacerlo en localhost para ver como esta.
Luego si borraria todo el joomla del servidor remoto. Pero como dije antes verificaría que el respaldo funciona.
Sino hay otro metodo que es bajar joomla a tu pc (creo que era así si mal no recuerdo) y comparar los archivos que han sido modificados. Cualquier cosa me avisas y te paso el link de este proceso.
Saludos
Max