Es posible que te creara un archivo en otra carpeta que sigue cargando ese código. Yo repasaria lo de los permisos primero. Luego ya que dices que seguranmente venga de una extensión que has instalado, me descargaria un pack joomla 3.x y compararia los archivos del joomla con una copia que tengas de tu web actual.
Casi seguro que encuentras archivos que no estan en el pack joomla y que no sean extensiones de terceros que hayas instalado.
Pero aún asi, primero te recomiendo que te centres en la plantilla, ya que hayas instalado una extensión y al poco salio el problema, no significa que sean esas extensiones y que el problema lo tuvieras desde el inicio al instalar el Quickstart de JA TELINE 5, y que estuviera latente hasta que salto el problema.
Saludos