Cpanel es lo mejor como panel de control y casi seguro que NO necesitaras cambiar un solo permiso. Solo el del archivo configuration.php para que no te trasteen. Ponlo en chmod 444. Hazlo una vez instalado joomla y configurado, NO antes.
Los permisos son del sistema operativo. Para saber algo mas y despejar dudas sobre numeros o no > http://blog.desdelinux.net/permisos-basicos-en-gnulinux-con-chmod/
Lee tambien comentarios que te ayudara algo mas para entender GUO (Grupo,Usuario,Otros)
Muchos problemas de los hosting compartidos se arreglan desde el htaccess, hay mucha documentación por ahi.