Si tienes jomsocial 3 instalado y desinstalado, deberas acceder a la base de datos y borrar las tablas _community y acceder a _extensions y buscar y borrar los datos relacionados con jomsocial.
Me paso y hasta que no borre TODAS las tablas, no hubo manera.
Desde Jomsocial 4.0.5 (La última es la 4.0.7) no me ha vuelto a suceder y se instala y desinstala bien, por lo que desinstalao y actualizo sin problemas.
Saludos