a mi me pasaba igual, que al activas esa opcion la css no funcionaba, se me descuadraba todo, mi solucion fue activas las 3 opciones de seo:
URLs amigables para motores de búsqueda Sí
Usar Apache mod_rewrite Sí
Agregar el sufijo a las URLs Sí
y si no te funciona eso haz esto:
abre htacces.txt y modifica las siguientes lineas:
añade una # delante de “Options +FollowSymLinks” quedaria asi:
#Options +FollowSymLinks
luego elimina la almohadilla de # RewriteBase /, quedaria asi:
RewriteBase /
y despues renombra el htaccess.txt a .htaccess
y con las tres opciones de seo activada.